Początku parafii ewangelicko-augsburskiej w Mrągowie należy upatrywać już w początkach Reformacji, a konkretnie w momencie, gdy ostatni wielki mistrz zakonu krzyżackiego Albrecht Hohenzollern dokonał (przede wszystkim przez Hołd pruski 1525) sekularyzacji państwa zakonnego przekształcając je w 1525 roku w luterańskie Prusy Książęce. Panuje pogląd, że nowe wyznanie szybko zyskało licznych zwolenników w Sensburgu (niem. Mrągowo), a nową administrację kościelną powołano już w roku 1528.
W latach 1529 i 1531 kętrzyński archiprezbiter Michał Meurer przeprowadzał wizytacje ustalając m.in. wysokość podatków kościelnych obciążających miasto i okoliczne wsie. Od XVI w. duszpasterze parafii opiekowali się miejscową szkołą. W 1725 r. parafia w Mrągowie weszła w skład archiprezbiteriatu kętrzyńskiego. Na początku XIX w. rozwiązano archiprezbiteriat kętrzyński, a parafia została podporządkowana superintendetowi, który rezydował w Mrągowie.
Pierwszym powojennym pastorem w Mrągowie był ks. Jan Szczech. W 1952 r. w parafii było 581 wiernych. Po 1962 r. ks. Edward Busse dokonał odbudowy kościoła ewangelickiego. W 1970 r. do parafii dołączono stacje kaznodziejskie Ukta i Krutyń.
Obecnie parafia posiada kościół w Mrągowie oraz filiał w Użrankach, gdzie nabożeństwa odbywają się w kaplicy, w 2. niedzielę miesiąca.