Najwyższą władzą ustawodawczą Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP jest SYNOD KOŚCIOŁA wybrany w sposób demokratyczny z grona wszystkich duchownych (15 osób), oraz z świeckich członków Synodów Diecezjalnych, jak również przedstawicieli organizacji i duszpasterstw środowiskowych Kościoła (około 60 członków) na okres 5 lat. Synod Kościoła wybiera:
- PREZESA SYNODU, którym może być duchowny lub świecki członek Synodu Kościoła,
- RADĘ SYNODALNĄ (2 duchownych i 2 świeckich) na okres 5 lat,
- BISKUPA KOŚCIOŁA, który jest duchownym Zwierzchnikiem i Pasterzem Kościoła, a z urzędu także Prezesem Konsystorza.
- KONSYSTORZ – naczelną władzą administracyjną Kościoła w Polsce i Kierownictwo Kościoła na okres 5 lat: świeckiego Wiceprezesa Konsystorza, oraz 3 radców konsystorskich z grona duchownych i 3 radców świeckich członków Kościoła
Kościół składa się z 6 diecezji (cieszyńska, katowicka, mazurska, pomorsko – wielkopolska, warszawska i wrocławska.). Wybrani świeccy przedstawiciele parafii wraz ze wszystkimi duchownymi Diecezji stanowią Synod Diecezjalny. Synod Diecezjalny wybiera:
Biskupa Diecezjalnego z pośród duchownych diecezji.
Radę Diecezjalną (1 duchowny radca, który w sprawach duchowych jest zastępcą Biskupa Diecezjalnego, oraz świeckiego Kuratora Diecezji i 1 świeckiego radcę diecezjalnego.)
Parafie i filiały danej diecezji tworzą samodzielne jednostki kościelne posiadające osobowość prawną: parafie i podległe parafiom filiały. Zgromadzenie Parafialne składające się z członków Parafii, którzy są konfirmowani, ukończyli 18 rok życia i opłacili składkę kościelną (1 procent od dochodu) za miniony rok, wybiera: Proboszcza oraz Radę Parafialną.
Proboszcz jest duchownym zwierzchnikiem i pasterzem Parafii. Do pomocy w dużych parafiach może być wybrany proboszcz pomocniczy, lub przydzielony przez Konsystorz wikariusz. Wszystkim duchownym luterańskim w Polsce od czasów Reformacji przysługuje tytuł „ksiądz” (Ksiądz Biskup, Ksiądz Proboszcz, Ksiądz Wikariusz).
W Parafiach i Filiałach, w których nie ma wybranego proboszcza, Konsystorz mianuje proboszcza – administratora ze wszystkimi uprawnieniami proboszcza. Może on jednak, podobnie jak wikariusz, gdy zajdzie taka potrzeba, być przeniesiony przez Konsystorz na inne stanowisko i do innej parafii. Od dnia 28 listopada 1999 r. do urzędu duchownego Kościół włączył także stałych: diakonów, diakonki i siostry diakonise, którzy po święceniach diakonackich otrzymanych od biskupa diecezjalnego zajmują się głównie pracą charytatywną, diakonijną, dydaktyczną, liturgiczną, oraz wszelką pomocą biskupom i proboszczom.